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1) Miller isolò gli amminoacidi dall'ambiente, non appena essi si erano formati, servendosi di un meccanismo detto "trappola fredda". Di certo Miller, nei suoi precedenti esperimenti, non fu in grado di realizzare neanche un amminoacido, pur usando gli stessi materiali ma senza la trappola fredda. Questo tipo di meccanismo d'isolamento volontario, certamente, non esisteva durante le primordiali condizioni terrestri. Senza un tale dispositivo, anche se si fosse ottenuto un solo amminoacido, sarebbe stato distrutto immediatamente. Il chimico Richard Bliss ha espresso questa incoerenza nel seguente modo: "In realtà, senza questa trappola fredda, i prodotti chimici sarebbero stati distrutti dalla sorgente elettrica".

2) Un altro insormontabile problema deriva dalla reale composizione della primordiale atmosfera terrestre. Molti scienziati, infatti, ora ritengono che la primordiale atmosfera terrestre fosse composta di biossido di carbonio e azoto anziché idrogeno, metano e ammoniaca. Gli scienziati americani J. P. Ferris e C. T. Chen ripeterono l'esperimento di Miller in un ambiente atmosferico che conteneva biossido di carbonio, idrogeno, azoto e vapore acqueo, e non riuscirono ad ottenere neppure un singolo aminoacido.

3) Altro problema: tracce d'ossido di ferro e uranio scoperte in rocce che si stima risalgano a 3,5 miliardi di anni fa dimostrano che l'antichissima atmosfera terrestre non era priva di ossigeno, come asseriscono gli evoluzionisti. Si noti che "L'assenza di ossigeno era importante perché, altrimenti, qualsiasi composto organico si sarebbe rapidamente ossidato a diossido di carbonio e acqua" (da "Le Origini della vita" edizioni Einaudi).

Pure sorvolando sulle forzature e contraffazioni, Miller con il suo esperimento ha ottenuto molto poco. I neodarwinisti Maynard Smith e Szathmáry, infatti, ammettono a malincuore: "Anche se questi esperimenti erano estremamente incoraggianti, restavano alcuni problemi. Certe molecole esenziali erano, infatti, presenti in concentrazioni basse, o del tutto assenti. Il ribosio, uno zucchero che costituisce l'asse portante del RNA e del DNA, si formava, ma l'amido era scarso. Gli acidi grassi a lunga catena, necessari per formare le membrane biologiche erano assenti" (da "Le Origini della vita").

L'esperimento di Miller è, ormai, ritenuto da molti scienziati solo una (delle tante) falsificazione pro evoluzionismo. Ciò nondimeno anche se Miller fosse riuscito ad ottenere alcuni aminoacidi spontaneamente (e ciò non avvenne) sarebbe in ogni caso lontanissimo dal rendere credile la formazione casuale anche di una sola proteina.

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